Urodził się 28.12.1916 roku w Nowej Hucie koło Kartuz. Edukację rozpoczął w rodzinnym domu. Po ukończeniu szkoły powszechnej uczęszczał do gimnazjum klasycznego w Wejherowie. W 1936 r. rozpoczął studia historyczne na Uniwersytecie Poznańskim podejmując jednocześnie samodzielne badania naukowe. W 1938 r. pracował przy porządkowaniu archiwum Ordynacji Wielopolskich w Chrobrzu (ob. woj. świętokrzyskie). W roku akademickim 1938–1939 był stypendystą Uniwersytetu w Lund w Szwecji. Przerwane przez wybuch II wojny światowej studia kontynuował na tajnym Uniwersytecie Ziem Zachodnich z siedzibą w Warszawie, gdzie w 1943 r. uzyskał tytuł magistra, a w 1944 r. obronił doktorat. Jednocześni w okresie okupacji pracował jako księgowy w niemieckim zarządzie Liegenschaftverwaltung w Chrobrzu i wykładał konspiracyjnie historię średniowieczną Polski w filii Uniwersytetu Ziem Zachodnich w Kielcach.
Po wojnie podjął pracę na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Poznańskiego, gdzie pracował do przejścia na emeryturę. W 1946 r. uzyskał habilitację, w 1959 – tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1956 – profesora zwyczajnego. W latach 1962–1965 pełnił funkcję rektora swej macierzystej uczelni. Od 1953 r. pracował także w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk. Od 1964 r. członek korespondent PAN, od 1969 r. członek rzeczywisty, w latach 1972–1994 członek prezydium PAN, 1972–1980 prezes oddziału poznańskiego PAN, 1984–1989 wiceprezes PAN. Członek i wieloletni sekretarz Instytutu Zachodniego, w latach 1958–1961 jego dyrektor . W latach 1972–1975 i 1980–1981 prezes Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Członek czynny Polskiej Akademii Umiejętności po jej reaktywacji w 1989, prezes PAU w latach 1989–1994, potem jej prezes honorowy. Przewodniczący Rady Naukowej Biblioteki Kórnickiej i Rady Naukowej Instytutu im. O. Kolberga. Członek komisji UNESCO oraz polko-niemieckiej komisji ds. podręczników szkolnych (1972–1989).
Zainteresowania naukowe profesora koncentrowały się głównie wokół zagadnień dziejów Słowiańszczyzny zachodniej, początków państwa polskiego, dziejów Pomorza i rodzinnej Kaszubszczyzny. Był tytanem pracy. Jest autorem ponad dwóch tysięcy prac naukowych o ogromnym znaczeniu dla polskich badań historycznych (m. in. Studia nad początkami państwa polskiego, 1946, Polska granica zachodnia. Tysiąc lat dziejów politycznych, 1970, Dzieje Zakonu Krzyżackiego w Prusach (wraz z Marianem Biskupem) 1986, Kaszubi i ich dzieje, 1996, Święty Stanisław Biskup Krakowski, Patron Polski, 2000, Słowiańszczyzna starożytna i wczesnośredniowieczna, 2003). Redagował m.in. Historię dyplomacji, Słownik starożytności słowiańskich i Polski Słownik Biograficzny. W ramach utworzonego z jego inicjatywy w Instytucie Historii PAN Zakładu Historii Pomorza kierował powstaniem monumentalnej Historii Pomorza oraz fundamentalnych syntez dziejów pomorskich miast: Torunia (3 tomy), Gdańska (5 tomów) i Szczecina (4 tomy),
Odznaczony m.in. Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą, Krzyżem Komandorskim, Oficerskim i Kawalerskim i Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski, Orderem Sztandaru Pracy I klasy. Pośmiertnie – Orderem Orła Białego. Doktor honoris causa uniwersytetu Gdańskiego (1985), Mikołaja Kopernika w Toruniu (1993), Jagiellońskieg (1995), Warszawskiego (1997), Wrocławskiego (1999) i Szczecińskiego (2003). Honorowy Obywatel Miasta Gdańska, Poznania, Gniezna oraz, z inicjatywy Stowarzyszenia Czas Przestrzeń Tożsamość ze Szczecina, Honorowy Obywatel Miasta Szczecina (2007). Jego imię nosi główna sala w nowym campusie UAM na Morasku.
Zmarł 1.10.2010 roku w Poznaniu. Jest pochowany w rodzinnym Luzinie na Kaszubach, gdzie w setną rocznicę urodzin odsłonięto jego pomnik.
„Fundamentem badań naukowych Profesora Gerarda Labudy był głęboki humanizm.” - wspominał prof. Tomasz Jasiński – „On to nakazywał Profesorowi poszukiwania odpowiedzi na najbardziej zasadnicze pytanie: kim jesteśmy i jakie jest nasze miejsce w historii. Profesor rozpatrywał to zagadnienie na kilku płaszczyznach: lokalnej społeczności, małej ojczyzny, wielkiej Ojczyzny i wielkiej wspólnoty. Najważniejsze prace, jakkolwiek nie w kolejności chronologicznej, układają się w logiczny ciąg i odpowiadają na następujące pytania: Jakie były początki Słowiańszczyzny? Jaka jest geneza państwowości słowiańskiej? Skąd wzięło się państwo polskie? Czym wreszcie jest Kaszubszczyzna i jakie były dzieje rodzinnej wsi Luzino?”
Twórcy poświęcają serwis pamięci Marka Kramarza